การตรวจสอบภายในเกิดขึ้นตั้งแต่ พ.ศ. 2505 ตามระเบียบการเบิกจ่ายเงินจากคลังของกระทรวงการคลัง ที่กำหนดให้หัวหน้าส่วนราชการและผู้ว่าราชการจังหวัดแต่งตั้งข้าราชการอย่างน้อย 1 คน เพื่อทำหน้าที่เป็นผู้ตรวจสอบภายใน
ตามมติคณะรัฐมนตรี ที่ สร.0201/ว.78 ลงวันที่ 19 สิงหาคม 2519 เรื่อง การแต่งตั้งผู้ตรวจสอบภายในของส่วนราชการกำหนดให้ส่วนราชการที่เป็น กระทรวง ทบวง กรม และส่วนราชการอื่นที่เทียบเท่า รวมถึงจังหวัดที่มีตำแหน่งอัตรากำลัง เพื่อทำหน้าที่ผู้ตรวจสอบภายในของส่วนราชการและของจังหวัด โดยมีสายการบังคับบัญชีขึ้นตรงต่อหัวหน้าส่วนราชการ หรือ ผู้ว่าราชการจังหวัดแล้วแต่กรณี
พร้อมทั้งมอบหมายให้กระทรวงการคลัง โดยกรมบัญชีกลางทำหน้าที่ส่งเสริมและสนับสนุนด้านวิชาการแก่ผู้ตรวจสอบภายใน ตามมติคณะรัฐมนตรี เมื่อวันที่ 30 มีนาคม 2542 โดยจัดตั้งคณะกรรมการตรวจสอบ (Audit Committee) ในแต่ละกระทรวง เพื่อทำหน้าที่กำกับดูแลกำหนดขอบเขตงานและแผนการตรวจสอบให้ครอบคลุมงานที่มีความสำคัญ มีความเสี่ยง และมีงบประมาณสูง อีกทั้งมีสัญญาณบอกเหตุว่าอาจจะมีความเสียหายเกิดขึ้น รวมทั้งกำหนดมาตรการ การควบคุมภายในและระบบตรวจสอบให้มีประสิทธิภาพ รวมทั้งให้จัดตั้งสำนักงานตรวจสอบภายในระดับกระทรวงขึ้น เพื่อทำหน้าที่เป็นฝ่ายเลขานุการของคณะกรรมการตรวจสอบ และทำหน้าที่ตรวจสอบตามขอบเขตงานและแผนการตรวจสอบที่คณะกรรมการตรวจสอบกำหนด หรือให้ความเห็นชอบ และหรือ ผู้บริหารมอบหมาย
เพื่อให้สอดคล้องกับมติคณะรัฐมนตรี มหาวิทยาลัยขอนแก่น จึงได้ออกคำสั่งมหาวิทยาลัยที่ 279/2532 ลงวันที่ 19 ตุลาคม 2532 เรื่อง จัดตั้งหน่วยตรวจสอบภายใน และ ต่อมามหาวิทยาลัยขอนแก่นได้ออกประกาศมหาวิทยาลัยขอนแก่น ฉบับที่ 58/2562 เรื่อง การแบ่งหน่วยงานของสำนักงานอธิการบดี พ.ศ. 2562 ณ วันที่ 8 มกราคม 2562 ได้เปลี่ยนจากสำนักงานตรวจสอบภายใน เป็น “กองตรวจสอบภายใน” เป็นต้นมา
โดยมีหัวหน้าหน่วยตรวจสอบภายใน ดำรงตำแหน่ง ดังนี้
